在結束了古代王國伊蘇的冒險後，亞特魯·克里斯汀與多奇為了莉莉亞的病情，前往塞爾塞塔的樹海採集塞爾塞塔花，在多奇將塞爾塞塔花帶回艾斯塔里亞後。留下來的亞特魯卻在樹海深處失去了部分的記憶。為了找出當時在樹海中發生了什麼事情，亞特魯與在凱斯南地區認識的夥伴們將再次前往樹海探險。
此代故事接續於《伊蘇I·II》之後，時間點在《伊蘇III》之前。亞特魯此時18歲。亞特魯的百餘冊冒險日誌中將此代故事記載為「塞爾塞塔的樹海」。
