《JACKJEANNE》故事舞台是全部演出者都由男性構成的劇團--玉坂座。玉坂座擁有一所會一面培養演員並同時進行公演的宇宙歌劇學校(ユニヴェ-ル歌劇学校),充滿才能的學生在突破窄門進入宇宙歌劇學校後,會被分為四個不同的班級開始學習戲劇,為了在宇宙歌劇學校內獲得最優秀班級的稱號互相較競。
放棄了戲劇之道的主角「立花希佐」因為某件事情,在遵守兩個約定的條件下,特別被允許成為宇宙歌劇學校的學生。這兩個條件就是在每年最後的最終公演中要當上主演,以及持續隱瞞自己是女性的事實……