本作故事基本上与原版游戏《女神异闻录 5》一样，玩家扮演在春天时节转入都会高中就读的「主角」，在白天要扮演普通学生。学校除了有定期段考外，还有社会参观、修学旅行以及学园祭等大型活动，将会带给主角非常浓密的校园生活。
在本作当中新增了原始版游戏没有的「第三学期」，除此之外在原本的前两学期当中也有加入各种新增事件，能带给玩家「皇家级」的校园生活乐趣。
身为一个高中生，放学之后可能才是最精华的时间。主角在放学后可以和朋友前往电影院、大众浴场或是打击练习场等设施，透过不同的体验来锻炼自己。如果身上金钱短缺，也可以投入各式各样的工读工作。在充实的放学生活中，拉近与其他人之间的距离。
在《女神异闻录 5 皇家版》当中，追加了「吉祥寺」这个全新的地区，以及和知名飞镖机厂商「DARTSLIVE」合作的射飞镖小游戏等等，许多全新的放学后要素。
主角會在學校和城市裡遇見各種不同人物，他們都擁有各自不同的特技或專長，只要能和他們達成利害關係一致的交易，就可以形成被稱為「COOP（コープ）」的合作關係。COOP 在游戏中是非常重要的一环，为了在扮演怪盗时获得更多优势，就必须要积极培养 COOP。而在《女神異聞錄 5 皇家版》當中，追加了芳澤霞（芳澤かすみ）和丸喜拓人，兩名全新的 COOP 對象。
