广大的海拉鲁各地出现了不明裂缝，并且引发将人与物体吞没的「神隐」现象。剑士林克也因遭到神隐而失去踪迹。
幸存的萨尔达公主遇见了妖精「托力」，并从他那里得到不可思议的魔杖「托力之杖」。为了拯救人民与林克，萨尔达公主与托力携手踏上了海拉鲁巡回之旅。
萨尔达公主可藉由托力之杖的力量使出「复制」之力，以此复制海拉鲁中各式各样的物品。例如桌子、木箱、床等等。
任何东西只要复制过一次，随时随地都能再现。举例来说，只要做出一张桌子来制造高低差，就能跳过挡住去路的悬崖。
复制品的种类繁多，面对阻挡前路的谜题和魔物，要使用哪种复制品以及如何使用，全都交由玩家作主。不同的选择与判断会产生不一样的攻略方式，这就是《智慧的再现》要呈现给大家的冒险。
